Храмовый комплекс расположен на южном склоне горы Богдо-Ула, с противоположной стороны от столицы Монголии.
Монастырь посвящен Манджушри, бодхисаттве мудрости, и назван в его честь. В начале ХХ века монастырь состоял из 21 храма, множества хозяйственных построек, домиков и пещер для лам-отшельников. В нем проживало до трехсот монахов.
В феврале 1921 года отрядом Азиатской конной дивизии барона Унгерна-Штернберга в монастырь был доставлен Богдо-гэгэн VIII, освобожденный из-под китайского ареста. В 1938 году монастырь был полностью разрушен монгольскими революционерами.
Последний настоятель монастыря, Донхор-хутухта VI, вместе с еще 23 ламами был арестован, осужден за контрреволюционную деятельность и расстрелян. Уцелевшие ламы были репрессированы. Все ценное имущество было конфисковано, а книги переданы в национальную библиотеку.
В 1992 году ламы были реабилитированы. В 1991 году по архивным фотографиям было воссоздано здание летней резиденции ламы Донхор-хутухты. Сохранившиеся на скалах изображения божеств были взяты под охрану государства.
В 2009 году в Манзушир хийде возобновилась линия преемственности хутухт. Богдо-гэгэн IX провел интронизацию мальчика по имени Цэвэндорж в качестве Донхор-хутухты и настоятеля монастыря. Этот мальчик, родившийся в 1998 году, был признан ламами перерожденцем расстрелянного Донхор-хутухты VI.